Специальному агенту Дане Скалли, доктору и преподавателю академии ФБР в Вирджинии, поручают работу в паре с агентом Фоксом Малдером над проектом «Секретные материалы», архивом таинственных, нерешенных дел ФБР, которые зачастую связаны с паранормальными явлениями, случаями вампиризма и оборотничества, нападением генетических мутантов, свидетельствами о похищении людей пришельцами… Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению.