Проходит пятнадцать лет после обрушения на Землю масштабной необъяснимой катастрофы. Гигантское количество людей погибло в ходе воцарившегося хаоса, а выжившие счастливчики даже подумать не могли, что страшное происшествие является лишь началом цепочки испытаний. В определенный момент планета подверглась атаке огромных существ, называемых Ангелами. Оружием, способным дать достойный отпор монстрам, стали боевые роботы категории Евангелион, созданные гениальными учеными при помощи современных технологий. Но управлять уникальными биороботами могли только отдельные пилоты, умеющие преодолевать процедуру синхронизации с Евангелионом. Тщательные исследования показали, что наилучшие результаты проявляются в подростковом возрасте. Именно поэтому на защиту родной обители встали юные школьники. Талантливые бойцы приступили к учениям в засекреченном подземном городе «Токио-3», ставшим штаб- квартирой сформированного тайного сообщества «NERV», которое обеспечивало безопасность от вторжения инопланетян. Именно эта могущественная организация и стала последней надеждой человеческой цивилизации, находящейся в небывалой опасности.